Χοντρό παιγνίδι φαίνεται ότι παίζεται στο Βοτανικό με  κτηματική έκταση ιδιοκτησίας του Πολεμικού Ναυτικού . Αρχικά είχε ζητηθεί να αποδεσμευτεί  ένα μέρος της έκτασης ώστε να κτιστεί  θρησκευτικός χώρος για τους μουσουλμάνους. Στην συνέχεια όμως το υπουργείο Εθνικής Άμυνας εμφανίζεται διατεθειμένο να παραχωρήση όλη την έκταση είτε στον Δήμο Αθηναίων είτε στο υπουργείο Παιδείας έναντι τιμήματος.
Αρχικά και προκειμένου  να αποδεσμευθεί έκταση στο μεσαίο τμήμα του Ναυτικού Οχυρού Βοτανικού για την ανέγερση μουσουλμανικού τεμένους διαμορφώθηκε τον Ιούλιο του 2009 σχέδιο προγραμματικής σύμβασης μεταξύ του ΥΠΕΘΑ και του Δήμου Αθηναίων, το οποίο προέβλεπε:

(α) Να διατεθεί από το Υπουργείο Οικονομικών πίστωση ύψους 2.500.000 ευρώ στο ΓΕΝ για την εκτέλεση εργασιών κατασκευής νέων κτηρίων σε αντικατάσταση αυτών που βρίσκονται στον προς παραχώρηση χώρο.

(β) Να αποχαρακτηριστεί και να αποδεσμευτεί από το ΠΝ περιοχή έκτασης 17 στρεμμάτων.

(γ) Να ξεκινήσουν παράλληλα οι διαδικασίες διαγωνισμού και ανάθεσης εργασιών μεταφοράς όλων των δραστηριοτήτων που βρίσκονται στην προς παραχώρηση περιοχή, σύμφωνα με συγκεκριμένο χρονοδιάγραμμα. Στην συνέχεια όμως ο υπουργός Άμυνας έδωσε έντολή στο Γενικό Επιτελείο Ναυτικού να διερευνήσει  το ενδεχόμενο συνολικής μεταφοράς των εγκαταστάσεων του ΠΝ σε άλλο σημείο, εφόσον το Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων ή ο Δήμος Αθηναίων είναι σε θέση να αναλάβουν το κόστος.
Το ερώτημα είναι πλέον πως θα αντιδράσουν οι δύο φορείς και στην περίπτωση που γίνει αποδεκτή η πρόταση
ποιές θα είναι οι χρήσεις της συγκεκριμένης έκτασης.